
Le conseil médical est une instance consultative qui intervient sur les questions relatives à la santé des agents de la fonction publique. Suite à la fusion du comité médical et de la commission de réforme en 2022, son organisation et son fonctionnement ont été redéfinis pour mieux accompagner les agents dans leur parcours médical.
Composition et structure des conseils médicaux

Les conseils médicaux, institués dans chaque département, s'organisent selon une structure précise définie par la réglementation. Cette organisation vise à garantir un examen rigoureux des situations médicales des agents de la fonction publique territoriale.
Composition des formations du conseil médical
Le conseil medical departemental comprend deux formations distinctes :
- La formation restreinte composée de 3 medecins agrees titulaires et 3 suppléants, désignés par le préfet pour une durée de 3 ans renouvelable
- La formation pleniere qui ajoute aux médecins de la formation restreinte 2 representants personnel et 2 représentants de l'administration
Présidence et secrétariat
Le préfet désigne parmi les médecins titulaires un président qui dirige les travaux du conseil. Le secrétariat, placé sous l'autorité du président, est assuré par le Centre de gestion pour :
- Les collectivités affiliées obligatoirement ou volontairement
- Les établissements ayant adhéré au bloc insécable de missions
Fonctionnement des formations
La formation restreinte examine principalement les dossiers relatifs aux maladies non professionnelles. Les médecins qui la composent peuvent faire appel à des médecins spécialistes agréés pour éclairer leurs avis.
La formation plénière intervient pour les questions d'accidents de service, de maladies professionnelles et d'invalidité. La présence des représentants du personnel et de l'administration permet d'apporter un éclairage complémentaire sur les conditions de travail de l'agent.
Organisation territoriale
Les conseils médicaux peuvent être organisés au niveau départemental ou interdépartemental selon les besoins. Des établissements publics importants peuvent également disposer de leur propre conseil médical, après autorisation ministérielle, lorsque leurs effectifs le justifient.
Saisine et procédures de consultation

La procédure de saisine du conseil médical constitue une étape administrative structurée, encadrée par des règles précises qui garantissent le respect des droits des agents publics et l'efficacité du processus décisionnel en matière de santé au travail.
Modalités de saisine du conseil médical
Le conseil médical est saisi exclusivement par l'administration employeur, soit à son initiative propre, soit sur demande de l'agent concerné. Le secrétariat du conseil médical réceptionne les demandes et vérifie la complétude des dossiers transmis. L'administration doit informer l'agent de la saisine du conseil médical au minimum 10 jours ouvrés avant la date de la réunion, par lettre recommandée avec accusé de réception.
Instruction des dossiers
Le médecin président du conseil médical prend en charge l'instruction du dossier dès sa réception. Il peut déléguer cette tâche à un autre médecin membre du conseil. Durant l'instruction, le médecin instructeur analyse les pièces médicales fournies et peut solliciter l'expertise d'un médecin agréé pour obtenir un avis complémentaire. L'agent dispose d'un droit d'accès à son dossier médical et peut présenter des observations écrites ou fournir des certificats médicaux additionnels.
Évolutions des cas de saisine depuis 2022
La réforme de 2022 a modifié certains cas de saisine automatique. Désormais, le conseil médical n'est plus systématiquement consulté pour les renouvellements de congé longue maladie ou de longue durée lorsque l'avis du médecin traitant est favorable. L'administration conserve néanmoins la possibilité de saisir le conseil médical en cas de doute.
Rôle du secrétariat dans la procédure
Le secrétariat du conseil médical assure la gestion administrative des dossiers : réception des demandes, vérification des pièces, planification des séances, convocation des membres, rédaction des procès-verbaux. Il constitue l'interface entre l'administration, les médecins et les agents concernés.

Compétences selon les formations

Les conseils médicaux, depuis leur création par le décret n°2022-350 du 11 mars 2022, exercent leurs attributions selon deux formations distinctes pour traiter les situations médicales des agents publics. Cette organisation permet une gestion adaptée des dossiers selon leur nature et leur complexité.
Formation restreinte : gestion des congés pour raison de santé
La formation restreinte, composée uniquement de médecins, statue sur les congés de longue maladie (CLM) et de longue durée (CLD). Elle examine les demandes initiales et les renouvellements, notamment après épuisement des périodes rémunérées à plein traitement. Cette formation intervient également pour les réintégrations post-congés et la mise en disponibilité d'office pour raison de santé.
Les attributions incluent aussi :
- Le reclassement dans un autre corps suite à une altération de santé
- L'octroi du temps partiel thérapeutique
- La vérification des conditions de santé pour certaines fonctions
Formation plénière : accidents et maladies professionnelles
La formation plénière, enrichie de représentants du personnel et de l'administration, traite les dossiers liés aux accidents de service et maladies professionnelles. Elle détermine notamment les taux d'incapacité permanente et statue sur l'imputabilité au service des accidents.
Attributions principales
- Mise à la retraite pour invalidité
- Attribution de l'allocation temporaire d'invalidité (ATI) pour incapacité d'au moins 10%
- Congés pour blessures ou maladies contractées en service
- Attribution de rentes d'invalidité
La réforme de 2022 a supprimé certaines saisines automatiques, comme l'avis sur l'impossibilité permanente de continuer les fonctions suite à des infirmités contractées en service. Les procédures ont été simplifiées pour une instruction plus rapide des dossiers.

Suivi et contestation des avis

Les avis rendus par le conseil medical en fonction publique suivent une procédure rigoureuse de notification et offrent des possibilités de contestation bien définies pour les agents. La transmission et le suivi de ces avis s'inscrivent dans un cadre réglementaire strict qui garantit les droits des agents tout en préservant le secret médical.
Notification des avis médicaux
Le secrétariat du conseil médical transmet l'avis motivé à l'agent et à son administration, dans le respect du secret médical. Seuls les éléments administratifs et les conclusions sont communiqués, sans mention des pathologies ou données médicales confidentielles. L'administration doit informer le conseil médical des décisions prises suite aux avis rendus.
Voies de recours selon la formation
Pour les avis rendus en formation restreinte, l'agent ou l'administration peut former un recours devant le conseil médical supérieur dans un délai de deux mois. Ce recours doit être adressé au secrétariat du conseil médical supérieur, instance nationale placée auprès du ministère chargé de la santé. Le dossier médical complet et les motifs de contestation doivent être joints à la demande.
Particularités de la formation plénière
Les avis rendus en formation plénière ne sont pas susceptibles d'appel devant le conseil médical supérieur. Toutefois, ces décisions peuvent faire l'objet d'un recours contentieux devant le tribunal administratif dans les conditions de droit commun.
Portée juridique des avis
Les avis du conseil medical présentent généralement un caractère consultatif, l'administration n'étant pas liée par ceux-ci. Néanmoins, certains avis s'imposent à l'administration, notamment pour:
- La reprise de service après douze mois consécutifs de congé de maladie
- L'octroi d'un congé de longue maladie ou de longue durée
- La mise en disponibilité d'office pour raison de santé
L'administration doit systématiquement informer le conseil médical des suites données aux avis rendus, permettant ainsi un suivi effectif des situations individuelles des agents.

L'essentiel à retenir sur les conseils médicaux de la fonction publique
Les conseils médicaux évoluent pour une meilleure gestion des situations médicales des agents publics. La fusion des anciennes instances permet un traitement plus cohérent des dossiers, mais des améliorations sont attendues concernant les délais d'instruction et l'harmonisation des pratiques entre les différentes administrations. La dématérialisation des procédures pourrait également faciliter les échanges.